Em 20 de setembro de 1918 ocorreu um dos acontecimentos mais extraordinários da história da Igreja moderna.

Durante um momento de oração profunda, Padre Pio recebeu os estigmas visíveis da Paixão de Cristo: feridas nas mãos, nos pés e no lado. Essas chagas permaneceram abertas por aproximadamente cinquenta anos. Os estigmas causaram admiração entre os fiéis, mas também geraram suspeitas e perseguições.

Médicos, jornalistas, religiosos e autoridades eclesiásticas investigaram o fenômeno. Muitos questionaram sua autenticidade. Em determinados períodos, a própria Igreja impôs severas restrições ao seu ministério, proibindo-o de celebrar publicamente e ouvir confissões.

Padre Pio sofreu profundamente com essas medidas, mas jamais se rebelou. Sua resposta foi a obediência silenciosa. Mesmo incompreendido, permaneceu fiel à Igreja e ofereceu seus sofrimentos pela salvação das almas.

Essa fidelidade durante a perseguição tornou-se uma das maiores demonstrações de sua santidade.