A vida de Padre Pio foi cercada por inúmeros fenômenos extraordinários.

Entre os dons atribuídos ao santo destacam-se:

• Leitura das consciências durante a confissão;
• Bilocação (estar em dois lugares ao mesmo tempo);
• Perfume sobrenatural associado à sua presença;
• Profecias e discernimento espiritual;
• Visões e experiências místicas;
• Curas físicas e espirituais.

Milhares de testemunhos relatam curas consideradas inexplicáveis pela medicina.

Entre os casos mais conhecidos estão a cura de Consiglia Di Martino, reconhecida oficialmente pela Igreja durante o processo de beatificação, e a cura de Matteo Pio Colella, milagre utilizado para sua canonização.

Contudo, para Padre Pio, o maior milagre não era a cura do corpo, mas a conversão de uma alma afastada de Deus.